1.碳源利用變化

　　土壤微生物多樣性檢測是用了能更加細致地土壤微生物群落的遺傳信息，同時也是為了便于研究土壤微生物群落總的遺傳能力。而分析方法中的碳源利用變化更有利于尋找微生物成長需要哪些營養成分，因為碳源會根據營養成分的變化而轉移。

　　2.聚類分析

　　據相關調查顯示近些年分析方法在土壤微生物多樣性檢測中應用率非常高。特別是聚類分析相當于通過數據建模簡化數據的方法集結眾多的土壤微生物進行組合分析，同時利用采k-均值、k-中心點等聚類分析工具便于迅速查找同一微生物群體的相似性。

　　3.多樣性指數分析

　　許多人對于土壤微生物多樣性檢測中的多樣性指數分析耳熟能詳。它可以通過辨識微生物群的種類與個體數的比值，從而獲取物種豐富度指數、優勢度指數和信息指數，這些指數信息對于驗證微生物群體的多樣性與穩定性具有非常重大的意義。

　　土壤微生物檢測便于獲取更多土壤微生物群落多樣化更多、更完整的信息，這也是越來越多的土質研究所紛紛尋求好的微生物多樣性檢測機構的重要原因之一。而這些高品質生物多樣性檢測機構反饋表示土壤微生物多樣性檢測分析更適宜選擇專業分析方法，并且可從碳源利用變化、聚類分析以及多樣性指數分析這幾個角度進行分析。